יש למלא את הבקשה בטופס מקוון, להדפיסו ולהגישו לרשם.
בבקשה לרישום עמותת בית כנסת, יש להוסיף לשם המוצע את שם הישוב בו קיים או יקום בית הכנסת.
כמו כן, ככלל, יש לכלול בשם המוצע את המילים "בית כנסת".
עם זאת, אם לעמותה מטרות נוספות הכוללות הקמה ו/או הפעלה של מוסדות נוספים, פרט להקמה ו/או ניהול והפעלת בית כנסת, ישקול רשם העמותות האם נכון וראוי לאשר שם המבטא מטרה אחת בלבד, כגון בית כנסת.
המייסדים ירשמו ככתובת העמותה את הכתובת בה מתנהל בית הכנסת, ויוסיפו כמען למכתבים את מספר תיבת דואר של העמותה בתוספת שם היישוב ומיקוד התיבה, או כתובת מפורטת אצל אחד החברים.
יש לתמוך את הבקשה לרישום בית כנסת כעמותה בתצהיר שיוגש ע"י כל האנשים שנרשמו כמייסדים, ובו יצהירו כדלקמן:
- האם בית הכנסת קיים?
- האם בית הכנסת רשום או היה רשום כתאגיד אחר? אם כן מה סוגו ומה מספרו.
- האם יש גוף אחר או אנשים אחרים, המנהל/ים כיום או ניהל/ו בעבר, או הדורש/ים לנהל את בית הכנסת כיום או בעבר?
- האם מתנהל בית כנסת נוסף במקום בית הכנסת נשוא הבקשה לרישום עמותה?
- האם רשומים נכסים בצורה כלשהי ע"ש בית הכנסת? אם כן מה הם וכיצד הם רשומים.
- ככל שבית הכנסת יפעל בנכס שאינו של העמותה, יש לפרט זאת בתצהיר ולצרף אישור הבעלים של הנכס בו פועל או יפעל בית הכנסת, לשימוש בנכס לפעילות של העמותה.
על התצהיר יחתמו מייסדי העמותה בחתימות מקוריות, בפני עורך דין.
- הצהרה על נסיבות הקמת עמותה
על ההצהרה יחתמו שניים מחברי הוועד או מהמייסדים במידה ולא נבחר ועד לעמותה.
יש לכלול בהצהרה כי הקמת העמותה לא נעשתה בעקבות אחד מאלה: הליכי מחיקה של עמותה אחרת, אי מתן אישור ניהול תקין לעמותה אחרת ע"י הרשם או אי סדרים של עמותה אחרת.
ככל שבכוונת המייסדים להקים עמותת בית כנסת, שלגביה, נכון לעת הגשת הבקשה, לא קיים מניין מתפללים ובית הכנסת טרם הוקם, תצורף לבקשה 
הצהרה חתומה על-ידי כל המייסדים בנוסח המצ"ב ולצרף את ההצהרה המצ"ב.
- ככל מדובר בבית כנסת שהוא רשום או שהיה רשום כאגודה עותומאנית -
יש לציין על גבי הבקשה לרישום עמותה וכן בתצהיר שבית הכנסת רשום או היה רשום כאגודה במסגרת החוק העותומני או כתאגיד אחר. במקרה כזה, נדרש להגיש בקשה לרישום אגודה עותומאנית כעמותה.
- לעניין בקשה לרישום בית כנסת קיים, שלא נרשם מעולם כעמותה או כאגודה עותומנית או כתאגיד אחר, ואשר איננו שייך לגוף או תאגיד אחר -
ימציאו המייסדים בנוסף לנ"ל, פרוטוקול מהחלטות האסיפה הכללית של מתפללי בית הכנסת, אסיפה שאליה הוזמנו כל המתפללים, ובין ההחלטות שיתקבלו: רישום בית הכנסת כעמותה, בחירת חברי הועד של בית הכנסת ואישור התקנון המוצע לעמותה, כולל השם והמטרות.
בפרוטוקול הנ"ל יש לרשום את שמות הנוכחים באסיפה וכמה מתפללים יש בסה"כ בבית הכנסת.
חברי הועד שנבחרו כאמור, ירשמו כמייסדי העמותה, ולאחר רישומה יקיימו הליך פרטני של קבלת המתפללים המעוניינים בכך כחברים בעמותה בהתאם לתקנונה.
רשות התאגידים גיבשהפרוטוקול אסיפת מתפללים לדוגמא לשירות הציבור במידה ומבקשים לרשום בית כנסת או מנין מתפללים קיים.
בהתייחס לתקנון, יצוין בבקשה אחת מחלופות אלה:
- מאמצים את התקנון המצוי בתוספת הראשונה לחוק העמותות, תש"ם-1980.
- מאמצים את התקנון המצוי בתוספת הראשונה לחוק העמותות, תש"ם-1980 בשינויים.
- מאמצים את התקנון המומלץ לעמותת בית כנסת .
רשות התאגידים גיבשה תקנון מומלץ לעמותות בתי כנסת. בקשה לרישום עמותה עם התקנון המומלץ תטופל תוך זמן קצר יותר מזמן הטיפול המקובל לבקשות לרישום עם תקנון מוצע.
- מצורף תקנון מוצע לעמותה.
לבקשה יצורף התקנון המוצע על ידי העמותה, למעט אם אומץ התקנון המצוי ללא שינויים.
בהעדר התייחסות לתקנון בבקשה לרישום, יחול התקנון המצוי שבתוספת הראשונה לחוק העמותות, תש"ם-1980.
- הוספת סעיפים בתקנון העמותה על פי דרישת מס הכנסה
תיקון סעיף 21 והוספת סעיף 22 לתקנון המצוי בהתאם לנוסח המופיע בהנחיות לרישום עמותה.
- קבלה בגין תשלום אגרת בקשת רישום ודמי פרסום ברשומות
יש לשלם את אגרת בקשת הרישום ודמי פרסום ברשומות באתר האינטרנט או בבנק הדואר לאחר קבלת שובר במשרדי רשם העמותות ברשות התאגידים.
- החלטת הרשם ופרסום ברשומות
הגישו המייסדים את כל המסמכים הדרושים, יאשר הרשם את רישום העמותה, יפרסם על כך הודעה ברשומות, ירשום את העמותה בפנקס העמותות וייתן לה תעודת רישום.
הערה: הנחיות אלו הן בנוסף להנחיות הכלליות לבקשה לרישום עמותה.