מחלקת ההקדשות היא חלק מהזרוע המלכ"רית ברשות התאגידים. המחלקה פעלה כיחידה נפרדת במשרד המשפטים עד שנת 2004, אז צורפה ליחידת רשם העמותות, ובהמשך, עם הקמת רשות התאגידים, הפכה לחלק מהרשות.

רשם ההקדשות ממונה על ידי שר המשפטים בהתאם להוראות סעיף 25 לחוק הנאמנות, תשל"ט-1979. תפקידי הרשם וסמכויותיו מוגדרים בחוק זה ובתקנות ההקדשות לצורכי צדקה, תשל"ד-1974.