התפקיד העיקרי של אגף הפטנטים הוא לאפשר הגנה משפטית על קניין רוחני ותעשייתי בישראל, באמצעות רישום פטנטים, מדגמים, סימני מסחר וכינויי מקור. מתן הזכות מותנה בבחינת הבקשה לרישום, בחינה שייעודה להבטיח כי ההגנה הבלעדית שמקנה הרישום תוענק למבקש, בלא לפגוע בזכויות החוקיות של אחרים.

רשם הפטנטים, המדגמים וסימני המסחר, מוסמך לנהל הליכים משפטיים בענייני ערעורים על החלטות בוחנים, התנגדויות לרישום ובקשות לביטול זכויות. כמו כן, האגף מספק מידע והדרכה לקהל בנושא פטנטים, מדגמים וסימני מסחר, ומידע על אודות תפקידיו ומטרותיו של האגף.

האגף מוציא לאור כל חודש את יומן הפטנטים והמדגמים ואת יומן סימני המסחר במסגרת הרשומות.

באמצעות מחלקת ברשם הפטנטים  PCT מתקבלות באגף בקשות בין-לאומיות לרישום פטנטים, המטופלות לפי אמנת PCT.

נציגי הלשכה משתתפים בישיבות הוועדות העוסקות בענייני חקיקה ונהלים בנושא הפטנטים, המדגמים וסימני המסחר.

ארבע מחלקות באגף:

• מחלקת הפטנטים
• מחלקת המדגמים
• מחלקת סימני המסחר
• מחלקת  PCT

לצדם פועלת המחלקה המשפטית המשותפת לכל הרשות.