פירוק מרצון- עמותות שמבקשות להתפרק מרצון ויש ביכולתן לפרוע את חובותיהן במלואם, יכולות להתפרק מרצון ללא התערבות בית משפט, על פי התנאים הקבועים בחוק.  במקרה כזה עליהן למסור לרשם העמותות הודעה על יכולת פירעון חובות העמותה, ובסוף ההליך, הודעה על סיום הליך הפירוק.

מחלקת הפירוקים והמחיקות עוקבת ובודקת שהליך הפירוק מרצון נעשה על פי התנאים הקבועים בחוק.  במידת הצורך ואם מתגלה במהלך הבדיקה שמתקיימות עילות לפירוק על ידי בית המשפט, כמפורט בחוק, מתערבת המחלקה להפסקת ההליך ופונה למתן צו פירוק בידי בית משפט. 

הנחיות לפירוק מרצון ניתן לראות באתר, תחת הכותרת "טפסים".  

פירוק על פי צו בית משפט – בנוסף למקרים בהם הופך פירוק מרצון לפירוק על פי צו בית המשפט מטפלת מחלקת הפירוקים והמחיקות בפירוק של עמותות שהטיפול בהן מופנה אליה משאר המחלקות ברשם העמותות: ממחלקת תוכניות הבראה – עמותת שעל אף שהייתה עילה לפירוקן הופנו להליך הבראה ולא עמדו בו, ממחלקת תלונות וחקירות– עמותות שנמצאה נגדן תלונה מוצדקת המהווה עילת פירוק, או לאחר שדו"ח חוקר המליץ על פירוקן וממחלקת ניהול תקין- לאחר שבבדיקות שנערכו, לצורך מתן אישור ניהול תקין, נמצא שיש עילה לפירוקן.

לעיתים מצטרפת המחלקה לבקשת פירוק שהוגשה על ידי אחרים, נושים כגון מס הכנסה או עובדים.

מחיקה – במקרים בהם עמותה מפסיקה לפעול ניתן על פי החוק למחוק אותה.  החוק קובע שעמותה שהפסיקה לפעול הינה עמותה שהתקיים בה אחד מאלה: לא שילמה אגרה, לא הגישה דו"ח לרשם העמותות ולא מילאה אחר פסק דין או החלטה של בית משפט.  לפני התחלת הליך המחיקה עורכת מחלקת הפירוקים והמחיקות בדיקות על מנת להימנע ממצב בו תימחק עמותה שיש לה רכוש או שיש לה גירעון.

המחלקה מטפלת גם בהליכים של "מחיקה מרצון", כאשר עמותה שלא היתה לה פעילות במשך מספר שנים מבקשת להמחק.