מחלקת ניהול תקין

• בדיקת פעילות העמותות.
• הנפקת אלפי אישורי ניהול תקין לעמותות בכל שנה לצורך קבלת תמיכות ושירותים ממשרדי ממשלה. 

מחלקת חקירות ותלונות

• טיפול וחקירה בתלונות על עמותות. 
• בדיקת מאות תלונות בשנה של בעלי תפקידים בעמותות, תורמים ומשרדי ממשלה על התנהלות עמותות.
• העברת ממצאי החקירה לרשויות המדינה המתאימות לצורך החלטה אם לנקוט פעולות נגד העמותה ואילו פעולות.

מחלקת תוכניות הבראה

עמותות שנמצאו בהן ליקויים מתחייבות לדווח באופן שוטף לרשם העמותות. מחלקת תוכניות הבראה מלווה את העמותות שנמצאו בהן ליקויים כספיים, התנהלות לא תקינה או ליקויים אחרים.

מחלקת פירוקים ומחיקות

• הגשת בקשות לפירוק עמותות לבית המשפט.
• ייצוג רשם העמותות בהליכים המשפטיים, בליווי פירוקים מרצון ובמחיקת עמותות.
• טיפול בבקשות להחייאת עמותה. 
• הטלת קנסות מנהליים על עמותות ועל חברי ועד המפרים את החוק.