למשרד המשפטים מבנה ארגוני ייחודי המתבטא בעיקר במספרן הרב של יחידות מקצועיות ובקשת הרחבה של הנושאים אשר אותן יחידות פעילות בהן.

ברמה השוטפת, על מנכ"ל המשרד לוודא, בעזרת מנהלי היחידות כי העבודה המקצועית מתבצעת בכל היחידות, תכניות העבודה השנתיות מבוצעות על פי התוכנית, החלטות מיושמות, משימות נשלמות וכד'.

בהיבט ארוך הטווח, מנכ"ל המשרד מוביל את המשרד על יחידותיו אל תכנית עבודה רבת שנים אשר בבסיסה:

• גיבוש ויישום של תכנית אסטרטגית למשרד המשפטים אשר בבסיסה גיבוש חזון ומדיניות, ייעול תהליכי העבודה, קביעת מבנה ארגוני משופר וכד'. 
• שיפור השירות לציבור בכל יחידות המשרד אלה אשר באות במגע עם קהל באופן ישיר וכן אלה שלא.
• שיפור מערכות המחשוב של המשרד, התאמתן למערכות הדור החדש על מנת להביא לניצול מירבי של מערכות אלה בעבודת המשרד. 
• הכשרתו של דרג הניהולי במשרד המשפטים אשר יוביל בעתיד את המשרד אל החזון המתגבש.