תפקידה של מחלקת החנינות שבמשרד המשפטים הינו לבחון את בקשות החנינה המוגשות לנשיא המדינה, לאסוף את המידע וחוות הדעת הדרושות לצורך קבלת ההחלטה, ולהכין את המלצתו של שר המשפטים לבקשה.