המחלקה לביקורת פנימית מהווה השער הראשי לכניסתם ויציאתם של גורמי הביקורת החיצוניים

נציין כי במסגרת עבודתה נמצאת המחלקה לביקורת פנימית בקשר רציף עם מספר גורמי   ביקורת חיצוניים הבאים:  

- משרד מבקר המדינה

- משרד המפקח הכללי במשרד ראש הממשלה

- נציבות שירות המדינה - משמעת

המחלקה לביקורת פנימית דואגת לתאם את הכניסה והפגישה של עובדים ויחידות המבוקרות עם גורמי הביקורת החיצוניים. כמו-כן מסייעת המחלקה לביקורת פנימית בכל דרך אפשרית לשיתוף פעולה מלא של היחידה המבוקרת עם גורמי הביקורת החיצוניים.לצורך  ביצוע  הביקורת דואגת  לשיתוף פעולה מלא של היחידה המבוקרת עם גורמי הביקורת החיצוניים.

המחלקה לביקורת פנימית פועלת לתיקון הליקויים ויישום ההמלצות אותם העלו גורמי הביקורת החיצוניים:

ב.משרד המפקח הכללי, במשרד ראש הממשלה

ג. נציבות שירות המדינה,משמעת