אגף הכספים מנהל את ביצוע תקציבו של משרד המשפטים אשר עומד כיום על 1.3 מיליארד ₪ לערך. תקציב זה אינו כולל את הנהלת בתי המשפט, בתי הדין הרבניים והרשות לאכיפה ולגבייה.

חשבות משרד המשפטים מהווה יחידת מטה בתוך משרד המשפטים ואחראית על מכלול הפעילות הכספית והחשבונאית במשרד ובכלל זה:

1. השתתפות בוועדות מכרזים וסיוע בהכנת מכרזים.
2. אישור התחייבויות כספיות, הזמנות וחוזים, פתיחת מוטבים וניהולם.
3. ביצוע תשלומים לספקים, משרדי ממשלה, רשויות ועובדים.
4. גבייה ורישום הכנסות.
5. ניהול ודיווח חשבונאי של הפעילות הכספית של המשרד.
6. ניהול מערך הבטוחות של המשרד.
7. ניהול כספי של נכסי המשרד.
8. ייעוץ פיננסי וכלכלי למשרד.
9. ביצוע ביקורת פנימית על עבודת החשבות באמצעות מבקרי כספים.